Nuôi cấy bao phấn là quá trình sử dụng bao phấn nuôi cấy để tạo cây con đơn bội
Kỹ thuật nuôi cấy bao phấn do Guha and Maheshwari nghiên cứu năm 1964. Kỹ thuật này có thể ứng dụng tạo cá thể đơn bội cho hơn 200 loài cây trồng, bao gồm cà chua, lúa, thuốc lá, lúa mạch, cây phong lữ. Một số ưu điểm của phương pháp này như sau:
-          Kỹ thuật khá đơn giản
-          Ở một số loài sự phân chia tế bào dễ dàng ngay cả khi những tế bào hạt phấn chưa thực sự chín
-          Tỷ lệ hạt phấn có phản ứng tốt với môi trường nuôi cấy cao (tần suất cảm ứng môi trường cao)
-          Có thể sản xuất thể đơn bội với số lượng lớn va nhanh chóng.
Trong những thí nghiệm sử dụng môi trường Datura innoxia, tần suất cảm ứng với môi trường của hạt phấn đạt tới 100% và trong điều kiện tối ưu có thể sản xuất hơn 1000 callus cây con từ một bao phấn. Có thể xác định kết quả trong vòng 24 giờ từ khi tế bào bắt đầu phân chia.
Một số nhược điểm chính của tạo thể đơn bội bằng nuôi cấy bao phấn là:
-          Đối với một số loài nhiều cây tạo ra không phải là đơn bội
-          Ở cây ngũ cốc, chỉ thu được cây xanh rất ít; nhiều cây bạch tạng hoặc bị thể khảm
-          Dễ vất bỏ đi những bao phấn có thể tạo được thể đơn bội  
-          Để đạt được những kết quả mong muốn cần thiết phải có những định hướng cụ thể.  
Theo Bộ môn CNSH